Velehrad está entre los lugares de peregrinación más importantes en Moravia. Está recordado como la sede los soberanos de Moravia y también como lugar del que se extendió el cristianismo según la muestra de los San Cirilo y San Metodio. En los alrededores de Velehrad estuvo la iglesia metropolita de Metodeo donde también fue enterrado. A la invasión de los húngaros la acompañó la destrucción extensa de poblados anteriores de Gran Moravia y por eso no se puede determinar el lugar exacto de la iglesia ni de la tumba. El culto de los apóstoles eslavos que son junto con el San Benedicto los patronos de Europa le hace de Velehrad un lugar sobresaliendo por su importancia las fronteras de la República Checa.
Los principios de actual Velehrad datan a principios del siglo XIII cuando el margrave de Moravia Vladislav Jindrich junto con su hermano el rey checo Premysl Otakar I fundó el primer monasterio cisterciense en Moravia. Los primeros doce cistercienses llegaron a Velehrad en el año 1205 de Plasy en Chequia. En la mitad del siglo XIII fue terminada la construcción de la Iglesia de Asunción de la Virgen María en el estilo transitorio románico – gótico. La iglesia fue una basílica majestuosa con cinco naves y con su longitud de 100 metros fue la iglesia más grande del país en aquel entonces. Restos de esta basílica se conservaron hasta hoy día – en la parte oriental de la iglesia se conservaron tres de cinco ábsides, la principal está decorada en el centro con precioso friso románico y debajo del nivel del actual edificio en el lapidario está accesibles las bases románicas de la iglesia.
En el siglo XV fue el monasterios destruido por incendio por los husitas, en los siglos posteriores fue varias veces reconstruido y su aspecto actual adquirió en las postrimerías de los siglos XVII y XVIII. El arquitecto de la reconstrucción barroca no se conoce, según el estilo se suele adjudicar a Giovanni Pietro Tencall. Tampoco son conocidos los artistas que participaron en la decoración de los interiores. Al frontispicio barroco lo complementó el dúo de torres y el suelo de la iglesia fue elevado en dos metros.
En la época de las reformas religiosas del emperador Josef II fue el monasterio cisterciense cerrado y la famosa basílica se convirtió en una iglesia del pueblo sin importancia. La iglesia se empezó a deteriorar, sala de capítulo decorada con columnas de mármol sirvió como el establo. En la 2ª mitad del siglo XIX se hizo como consecuencia de las celebraciones milenarias de la llegada de la misión de Cirilio y Metodeo a MOravia la reconstrucción de Velehrad. En el año 1890 llegaron a Velehrad los jesuitas que se quedaron allí hasta hoy día con excepción de 40 años durante la época comunista cuando el monasterio fue cerrado. El Papá Pius IX valoró la importancia de Velehrad y en el año 1927 otorgó a la iglesia el titulo y privilegios de “basílica minor”. En el año 1985 en aniversario nº 1100 de la muerte de Metodeo se la regaló el Papá Juan Pablo I a la basílica la Rosa de Oro (este homenaje lo recibieron solamente algunas iglesias del mundo). En el año 1990, durante su primera visita a la República Checa, el Papá Juan Pablo II visitó Velehrad.
