El monasterio de Kladruby lo fundó el conde Vladislav a principios del siglo XII. Su parecido actual proviene del primer tercio del siglo XVIII. El monumento dominante del complejo es la iglesia monástica, reformada en estilo del barroco gótico por Jan Blazej Santini. Por sus dimensiones es una de las catedrales más grandes en Bohemia. El monasterio era uno de los principales protagonistas de la causa del vicario arzobispal Jan de Pomuk que en el siglo XVIII fue proclamado santo como San Juan Nepomuceno. Es el santo checo más popular, sus estatuas adornan casi todos los puentes de los pueblos. Jan de Pomuk se envolvió en el conflicto de poder entre el arzobispo praguense Jan de Jenstejn y el rey checo Vaclav IV. Por la aprobación del nuevo abad del monasterio de Kladruby, que hizo que el rey no pudiera crear nuevo obispado bajo su propia influencia, Jan de Pomuk fue torturado y después ya medio muerto echado por Puente de Carlos al río Moldava donde acabó su vida.
El monasterio en Kladruby es uno de los monasterios checos más antiguos. Fue fundado en el año 1114 por el duque Vladislav en el lugar que ya desde hace muchos años había sido lugar de devoción como el centro de la religión, cultura y economía de la zona fronteriza en el oeste de estado checo. La basílica románica de tres naves fue terminada en el año 1233 y en aquel entonces fue la más grande en Chequia. Incluso hoy día está por sus dimensiones entre las tres catedrales checas más grandes. El monasterio con el tiempo adquirió riqueza, poder e importancia y no solamente una vez hospedó al emperador Carlos IV.
En la época de la rebelión revolucionaria de los husitas en el año 1421 fue sitiado el monasterio por Jan Zizka de Trocnov. Los monjes escaparon a tiempo por lo menos con la propiedad más valiosa a Rezno. A principios del siglo XVI fue la iglesia reconstruida nuevamente consagrada. La época de florecimiento no duró mucho, ya que en el año 1590 fue destruido por un gran incendio durante el cual se quemaron todos los edificios del monasterio. Durante la Guerra de 30 años fue sitiado y atracado muchas veces. La renovación llegó en el año 1653 cuando fue renovada la iglesia de monasterio de la Virgen María, también fue construida la antigua prelatura y terminada la reconstrucción del convento.
Su actual aspecto del área es del primer tercio del siglo XVIII cuando la iglesia de monasterio fue reconstruida por Jan Blazer Santini en estilo gótico barroco. Santini mandó derrumbar las torres de la iglesia y las sustituyó por la cúpula alta terminada con linterna, complementada con la corona de duque de oro. Ésta simboliza que en la iglesia está enterrado el fundador de la iglesia – duque Vladislav I. La iglesia de la Virgen María fue terminada en el año 1726 y la construcción del área de la iglesia continuó con la construcción del nuevo convento y nueva prelatura. Su proyectante fue posiblemente Kilián Ignác Dientzenhofer. El edificio fue terminado en el año 1770, 15 años más tarde el monasterio fue cerrado por las reformas josefinas. En sus edificios había un hospital, un cuartel, un asilo para inválidos y una fábrica de cerveza. En el año 1825 compró el latifundio en la subasta el mariscal del campo Alfréd Windischgrätz y sus descendientes pertenecieron Kladruby hasta el año 1945 cuando pasaron a se propiedad del Estado. El monasterio jugó un papel muy importante durante el final doloroso del vicario de arzobispo Jan de Nepomuceno, en el siglo XVIII canonizado Jan de Nepomuceno – el profano checo más popular cuyas estatuillas hoy día adornan puentes de casi todos los pueblos. Jan, procedente de Nepomuky, se implicó en los conflictos de poder del arzobispo praguense Jan de Jenstejn con Wenceslao IV. El rey quiso debilitar el poder del arzobispo praguense con fundación de nuevo obispado al que tuvieron que pertenecer los latifundios de Kladruby. Esperó hasta la muerte del obispo de Kladruby para que pudiera nombrar a su puesto uno de sus partidarios. Sin embargo los adversarios del rey imposibilitaron la intención del rey con una rápida elección del nuevo obispo de sus filas al que el vicario Jan de Nepomuceno sin esperar ni un rato aprobó. La intriga fuerte de la política interior que empezó con este hecho llevó al arzobispo al exilio, a Jan de Nepomuceno a los instrumentos de tortura y posteriormente al fondo del Moldava a donde fue tirado desde Puente de Carlos casi medio muerto por los fieles del rey. En el monasterio está expuesta la exposición de la historia de los benedictinos, lapidario de estatuas de M. B. Braun y Madona de Kladruby de barroco temprano. En la iglesia de monasterio se celebran conciertos.
