Velehrad é um dos santuários de peregrinação mais importantes na Morávia. Neste local residiram os monarcas da Morávia e foi a partir daqui que se iniciou, segundo o exemplo de São Cirilo e Metódio a cristianização do território. Nas proximidades de Velehrad encontrava-se a igreja Patriarcal de Metódio , onde este foi igualmente sepultado. O então centro da Grande Morávia foi tantas vezes destruído por repetidas incursões húngaras, que hoje é praticamente impossível determinar ao certo o exacto local onde a Igreja e o túmulo se encontravam.O culto dos apóstolos eslavos que com Santo Benedito são os padroeiros da Europa, fizeram de Velehrad um lugar cuja importância vai além fronteiras da República Checa.
Os princípios da actual Velehrad coincidem com os começos do século XIII, altura em que foi fundado o primeiro convento cisterciense na Morávia pelo Conde da Morávia, Vladislav Jindřich e pelo rei checo Premysl Otakar I, seu irmão. Os primeiros monges cistercienses chegaram a Velehrad em 1205, vindos de Plasy, na Boémia. Por meados do século XIII, foi terminada a construção da igreja de Nossa Senhora da Assunção e do convento em estilo românico - gótico de transição. A igreja era uma grande basílica de cinco naves. Com um comprimento de cem metros, era à altura a maior igreja em terras da Boémia. Conservam-se ainda hoje alguns restos desta antiga basílica – na parede oriental da igreja conservaram-se três das cinco apsides (a principal delas em posição central é decorada por um lindíssimo friso românico) e por baixo da construção actual no lapidário é possível visitar os fundamentos da antiga igreja românica.
No século XV o convento foi queimado pelos hussitas, nos séculos seguintes foi sucessivamente reconstruído. O aspecto com que se nos apresenta hoje, deve-se à reconstrução levada a cabo em finais do século XVII, começos do século XVIII. Desconhece-se o nome do arquitecto da reconstrução barroca, contudo segundo o estilo, pensa-se ser uma obra de Giovanni Pietro Tencallovi, também são desconhecidos os nomes dos artistas que participaram na decoração dos interiores. O imponente portal barroco foi completado por duas torres, e o nível do chão da igreja foi elevado de dois metros.
Na época das reformas religiosas do Imperador José II, o convento cisterciense foi fechado. A famosa basílica tornou-se numa pequena igreja de província, tão importante como qualquer outra. A igreja começou a deteriorar-se, a sala do capítulo decorada com pilares de mármore passou a servir de cavalariça. Na segunda metade do século XIX, com as comemorações do milénio da chegada da Missão de Círilio e Metódio, descobriu-se Velehrad. Em 1890 chegaram a Velehrad os jesuítas, que aqui ficaram até aos dias de hoje, tirando o período de quarenta anos de comunismo, em que o convento foi fechado. O significado de Velehrad para a tradição círilio-metodiana foi reconhecido pelo Papa Pius IX, em 1927, atribuindo-lhe o título e os privilégios de basílica minor. Em 1985, por ocasião das comemorações dos mil e cem anos da morte de São Metódio, foi concedida à basílica, pelo Papa João Paulo II, a Rosa de Ouro (tal honra foi só atribuída a algumas catedrais no mundo). Em 1990, foi visitada pelo Papa João PauloII, por ocasião da sua primeira visita à república Checa.
