O convento de Kladruby é um dos mais antigos conventos checos. Fundado em 1114 pelo príncipe Vladislav no local, que já era desde há muito lugar de fé, cultura e também centro económico da região ocidental do Estado Checo. Uma basílica românica de três naves, então a maior em toda a Boémia, foi terminada em 1233. Pelas suas dimensões, encontra-se entre as três maiores catedrais checas. Com o decorrer dos tempos o convento ganhou em riqueza, em poder e importância. Por várias vezes albergou o Imperador Carlos IV.
Durante o movimento revolucionário hussita foi ocupado por Jan Žižka de Trocnov, no entanto os monges conseguiram fugir com os bens mais valiosos para Regensburgo. No princípio do século XVI a igreja restaurada, foi de novo consagrada. Este florir não iria prolongar-se por muito tempo, em 1590 um incêndio reduziria a cinzas todo o convento. Durante a guerra dos Trinta Anos o convento foi por várias vezes sitiado e roubado. A sua renovação parcial teve lugar já em 1653. Então foi restaurada a igreja de Nossa Senhora do convento, foi reconstruída a antiga prelatura e terminada a reconstrução do convento.
A forma com que se apresenta hoje data da primeira metade do século XVIII, quando a igreja do convento foi reconstruída por Jan Blasius Santini em estilo barroco-gótico. Santini deixou demolir as torres da igreja e substituiu-as por uma cúpula alta com uma lanterna no cimo, rematada pela coroa dourada principesca. Simbolizando que na igreja se encontram depositados os restos mortais do fundador do Convento, o príncipe Vladislav I. A igreja de Nossa Senhora foi construída em 1726. A reconstrução do complexo conventual continuou com a construção de um novo convento e de uma nova prelatura, cujos projectos se presumem ser da responsabilidade de Kilián Ignátz Dientzenhofer. A obra foi concluída em 1770. Quinze anos mais tarde em consequência das reformas Josefinas o convento foi fechado. As suas instalações serviram de hospital, quartel, casa para inválidos e de fábrica de cerveja. Em 1825 esta propriedade foi adquirida em leilão pelo marechal Alfréd Windischgrätz. Kladruby pertenceu aos seus descendentes até 1945, altura em que passou para as mãos do Estado. O Convento desempenhou um papel importante no penoso final do vigário arcebispal Jan de Pomuk, no século XVIII canonizado como João de Nepomuceno e o mais venerado dos santos checos, cuja estátua hoje decora as pontes de quase todas as aldeias. João que era originário de Nepomuk intrometeu-se nos conflitos pelo poder entre o arcebispo de Praga Jan de Jenstein e Václav IV. O rei pretendia limitar o poder do arcebispo de Praga criando novos bispados, que deveriam passar a pertencer aos bens de Kladruby. Esperou que o abade de Kladruby morresse, para nomear para o seu lugar um dos seus partidários. Contudo os opositores ao rei, logo após a morte do abade, frustaram as intenções do soberano, elegendo rapidamente dentro das suas próprias fileiras um abade, que sem perda de tempo foi reconhecido por Jan de Pomuk. Com base nestes acontecimentos rebentaram fortes intrigas políticas que levaram o arcebispo ao exílio, Jan de Pomuk à tortura e por fim ao fundo das águas do Vltava, para onde foi atirado ainda com vida , da ponte de Carlos pelos partidários do rei. No Convento encontra-se uma exposição sobre a história dos beneditinos, a estátua lapidária de M.B.Braun e a estatueta gótica de Nossa Senhora de Kladruby.
Na igreja do convento realizam-se concertos.
