Czeskie Budziejowice były założone w 1265 roku przez króla Przemysła Otokara II, u zbiegu dwóch rzek Wełtawy i Malše. Plan miasta przypomina szachownicę. Zachował się tu trzynastowieczny, dominikański klasztor z kościołem Ofiarowania Marii Panny (Obětování Panny Marie), gdzie w ostatnich latach odkryto niezwykłe, gotyckie freski. Niedaleko od kościoła, w renesansowych Mięsnych Kramach (Masné krámy) można spróbować tutejszej, słynnej kuchni. Znakiem rozpoznawczym miasta jest mierząca 72 m gotycko-renesansowa Czarna Wieża (Černá věž), z której rozciąga się niezwykła panorama na miasto i okolicę. Na kwadratowym rynku o powierzchni 1 h. znajduje się jedna z największych w Czechach fontanna, Samsonova kašna. W latach 1825 - 1832 na trasie Czeskie Budziejowice - Linz kursowała pierwsza europejska kolej konna. Wielu ciekawych informacji o kolei konnej można dowiedzieć się w Muzeum Południowoczeskim (Jihočeské muzeum), które znajduje się w domku wartowniczym przy ulicy Mánesowej. Lannova třída czyli Lannova aleja, jest popularnym miejscem spacerów z licznymi sklepami i restauracjami. Miasto zyskało światowy rozgłos dzięki warzonemu tu, wyśmienitemu piwu Budějovicky Budvar.
Dziś miasto jest siedzibą starostwa regionu Południowe Czechy.
