Zamek Krumlov został założony w połowie XIII wieku na stromym urwisku skalnym, nad korytem rzeki Wełtawy, przez panów z Krumlova, którzy należeli do znanego, czeskiego rodu szlecheckiego Vitkovców. W 1302 roku zamek uzyskali Rożmberkowie i ostatecznie zaczęli urządzać w nim główną siedzibę rodową. Ogromny zamek gotycki został za czasów Wilhelma z Rożmberka przebudowany, pod kierunkiem artystów włoskich, na monumentalną, wspaniałą siedzibę renesansową i stał się centrum gospodarczym obszernych posiadłości rożmberskich. Piotr Vok z Rożmberka z powodów finansowych sprzedał siedzibę Rudolfowi II Habsburskiemu, który nigdy osobiście nie odwiedził pałacu. Jego bratanek cesarz Ferdynand II darował go w 1622 roku swojemu finansiście Janowi Ulrychowi z Eggenberku. Kolejne duże przebudowy pałacu przeprowadzone zostały w stylu barokowym przez Jana Krystiana z Eggenberku pod koniec XVII wieku. Sale pałacowe zostały umieszczone na jednym poziomie poprzez wyrównanie kondygnacji, zbudowano ogromne schody barokowe, założono barokowe ogrody i wybudowano nowy budynek barokowego teatru i mennicy.
Po śmierci ostatnich członków rodu Eggenberków dobra odziedziczyli Schwarzenberkovie. Dzięki połączeniu majątków tych dwóch rodów szlacheckich powstały rozległe posiadłości, które położeniem i powierzchnią przywodziły na myśl czasy rożmberskie. Następne zmiany w stylu szczytowej fazy baroku i rokoka przeprowadzone zostały za Józefa Adama ze Schwarzenberku. Zmienił on wnętrze sali lustrzanej i balowej, ozdobionej iluzyjnymi malowidłami rokokowymi Józefa Lederera. Obiekt teatru eggenberskiego został przebudowany i wzbogacony zbiorem kulis teatralnych autorstwa malarzy wiedeńskich, kostiumów i rekwizytów teatralnych z XVIII wieku. W ogrodzie przebudowano letnią rezydencję ogrodową Bellarie oraz wybudowano drewniany pawilon muzyczny razem z zimową ujeżdżalnią pałacową. Do teatru i parku można dojść korytarzami w górnych piętrach mostu w stylu późnego baroku – zabytku ówczesnej techniki, który przebiega przez fosę.
Pod koniec XVIII wieku zakończono prace budowlane w Krumlovie i obiekt opustoszał. Remontem pałacu zajął się dopiero Adolf Józef ze Schwarzenberku. W 1900 roku zdecydował się on udostępnić zwiedzającym część schwarzenberskich pokoi reprezentacyjnych. W 1940 roku majątek należący do rodu Schwarzenberków skonfiskowało gestapo. Po wojnie pałac został upaństwowiony i ponownie otwarty dla odwiedzających. W 1992 roku cały kompleks historyczny znalazł się na Liście Światowego Dziedzictwa Kultury UNESCO.
