Velehrad è uno dei più importanti luoghi di pellegrinaggio della Moravia, e nasce come luogo di divulgazione del Cristianesimo grazie all‘esempio dei santi Cirillo e Metodio. Anticamente vi sorgeva la chiesa di San Metodio, che conteneva al suo interno le spoglie del santo. Le incursioni degli ungheresi determinarono la distruzione delle colonie della Grande Moravia di allora, e ciò ci impedisce oggi di individuare con certezza dove si trovano esattamente il monastero e la tomba del santo. Il culto dei due santi apostolici, che sono, con san Benedetto, i patroni d‘Europa, rende Velehrad un luogo di grande interesse anche oltre le frontiere della Repubblica Ceca.
La fondazione di Velehrad risale all‘inizio del XIII secolo, quando il margravio Vladislav Jindřich con il fratello del re Premysl Otacaro I costruì il primo monastero cistercense della Moravia. I primi dodici monaci arrivarono a Velehrad nel 1205. Verso la metà del XIII secolo furono completate la costruzione della cattedrale dell‘Assunzione della Vergine Maria e il monastero in stile romanico-gotico. La cattedrale originariamente era costituita da cinque navate, e con la sua lunghezza di 100 metri, era allora la chiesa più grande della Repubblica Ceca. Le rovine della basilica si sono conservate fino ad oggi – rimangono tre delle cinque basiliche (la piú importante di queste è al centro, decorata con un bellissimo affresco romano) - e sotto terra il lapidario aperto al pubblico e le basi romane.
Nel V secolo la chiesa fu incendiata dagli aderenti al movimento ussita; nei secoli seguenti fu più volte ricostruita, e la sua immagine odierna risale ai secoli VII e VIII. L´architetto della ricostruzione è sconosciuto, anche se, dato lo stile, viene attribuita a Giovanni Pietro Tencallo; non sono conosciuti neanche gli artisti che hanno partecipato alla decorazione interna. Completano la chiesa una coppia di torri in stile barocco. Ai tempi della riforma ecclesiastica di Giuseppe II, il monastero cistercense fu cancellato; da quel momento la basilica divenne una chiesa di campagna senza importanza, tanto che, la sala principale, con le colonne di marmo, fu utilizzata come scuderia.
Nel 1890 arrivarono a Velehrad i gesuiti, a tutt’oggi sempre presenti fatta eccezione per un periodo di 40 anni, durante il regime comunista. Nel 1927, papa Pio IX assegnò alla cattedrale il titolo e i privilegi di una basilica. Nel 1985, all’anniversario di undici secoli dalla morte di san Metodio, papa Giovanni Paolo II ha dedicato alla basilica La rosa d´oro (ottenuta solo da pochissime cattedrali in tutto il mondo) e, nel 1990, in occasione della sua prima visita in Repubblica Ceca, Giovanni Paolo II ha visitato la cattedrale.
