Velehrad on Määrin merkittävimpiä pyhiinvaelluskohteita. Se oli hallitsijoiden entinen asuinpaikka, josta käsin Pyhä Kyrillos ja Metodios levittivät maahan kristinuskoa. Velehradin lähistöllä sijaitsi Metodioksen metropoliittakirkko, johon hänet on haudattu. Unkarilaiset tuhosivat tuon aikaisen Suur-Määrin asuinalueet, joten kirkon ja haudan tarkkaa sijaintia ei tiedetä. Näiden slaavilaisten apostolien ja Euroopan suojeluspyhimysten palvonnan ansiosta Velehrad tunnetaan kuitenkin laajalti myös maan rajojen ulkopuolella.
Nykyinen Velehrad perustettiin 1200-luvun alussa, jolloin määriläinen rajakreivi Vladislav Jindřich perusti veljensä Böömin kuningas Otakar I:sen kanssa Määrin ensimmäisen sisterssiläisluostarin. Ensimmäiset 12 munkkia saapuivat Velehradiin vuonna 1205 Böömin Plasista. 1200-luvun puolivälissä valmistui Neitsyt Marian taivaaseenastumisen kirkko sekä romaanisgoottilainen luostari. Katedraali oli mahtava viisilaivainen basilika, jonka pituus oli 100 m. Tuolloin se oli Böömin suurin kirkko. Osia alkuperäisestä basilikasta on säilynyt meidän päiviimme, mm. kolme alun perin viidestä alttarikomerosta, joista suurimmassa on kaunis romaanisen ajan friisikoriste. Lisäksi nykyisen rakennuksen alla näkyvät vanhan kirkon perustukset.
1400-luvulla hussilaiset polttivat luostarin ja seuraavien vuosisatojen aikana se rakennettiin useita kertoja uudelleen. Nykyinen ilme on 1600- ja 1700-lukujen vaihteesta. Barokkityyliä edustavan rakennuksen arkkitehti ei ole tiedossa. Tyylin perusteella on kuitenkin arvailtu Giovanni Pietro Tencallia. Edes sisätilat koristelleita taiteilijoita ei tiedetä. Rakennustöiden yhteydessä lisättiin mahtavaan julkisivuun kaksi torni ja kirkon lattiaa korotettiin kaksi metriä.
Josef II:sen uskonnollisten uudistusten yhteydessä luostari lakkautettiin ja kuuluisasta basilikasta tuli merkityksetön kyläkirkko. Katedraali alkoi ränsistyä ja marmoripylväillä koristeltu kapitulisali oli hevossuojana. 1800-luvun puolivälissä Pyhän Kyrilloksen ja Metodioksen Määriin saapumisen tuhatvuotisjuhlallisuuksien yhteydessä Velehrad kunnostettiin. Vuonna 1890 sinne tuli jesuiittoja, jotka ovat olleet luostarissa siitä lähtien lukuun ottamatta nelikymmenvuotista sosialismin aikaa. Vuonna 1927 paavi Pius IX tunnusti katedraalin merkityksen ja myönsi sille basilika minorin arvonimen. Vuonna 1985 Metodioksen kuoleman 1100-vuotisjuhlallisuuksien yhteydessä antoi paavi Johannes Paavali II basilikalle Kultaisen Ruusun kunnianosoituksen, jonka on saanut vain muutama kirkko maailmassa. Paavi Johannes Paavali II myös vieraili basilikassa käydessään Tšekin tasavallassa vuonna 1990.
