Pääkaupungin alueella sijaitsee koko joukko eri arkkitehtonisia tyylisuuntia edustavia kirkollisia nähtävyyksiä. Niistä tärkein on Pyhän Václavin, Vojtěchin ja Vítuksen katedraali, joka on Prahan tunnetuin kirkollinen nähtävyys. Keisari Kaarle IV rakennutti sen kuningaskunnan pääkirkoksi kahden vanhemman pyhätön tilalle, kun Prahan hiippakunta korotettiin arkkihiippakunnaksi. Gotiikkaa edustavan katedraalin pääarkkitehteja olivat Matias Arrasilainen ja Petr Parléř. 1400-luvun alussa rakentaminen keskeytettiin vuosisadoiksi ja se saatiin päätökseen lähes 600 vuotta aloittamisensa jälkeen. Katedraali siunattiin juhlallisesti Pyhän Václavin murhan tuhatvuotispäivänä. Sen kaikkein pyhin on Pyhän Václavin kappeli, jossa säilytetään Böömin kruununkalleuksia. Katedraali ei silti ole ainoastaan kuninkaallinen kassakaappi. Se on myös kuninkaallinen hautakammio ja usean eurooppalaisen merkkihenkilön viimeinen leposija.
Prahan ja Tšekin tasavallan kansainvälisesti tunnetuin pyhiinvaelluskohde on Neitsyt Maria Voitollisen kirkko. Varhaisbarokkia edustava kirkko sijaitsee Karmelitská-kadulla Malá Stranalla. Sen alttarin oikeaa sivua on vuodesta 1628 koristanut hopeakaappiin sijoitettu Prahan Jeesuslapsi, joka maailmalla tunnetaan Bambini di Pragana. Patsaan arvokas ”vaatevarasto” koostuu koristeellisista kaikenvärisistä viitoista, joista arvokkaimman on omakätisesti ommellut Itävallan keisarinna Maria Teresia. Renessanssiajalta peräisin oleva vahapatsas on kotoisin Espanjasta ja sen on karmeliitoille lahjoittanut hurskas prahalainen aatelisnainen Polyxena Lobkowicz.
Prahan vanhimpien luostareiden joukkoon kuuluvat Břevnovin benediktiinläisluostari, Strahovin premonstratenssiluostari sekä Loreton kaputsiiniluostari. Viimeksi mainittu tunnetaan melodiaa soittavista kelloistaan sekä mittaamattoman arvokkaista jalokiviaarteistaan. Muita merkittäviä kirkollisia nähtävyyksiä ovat barokkia edustavat isä ja poika Dientzenhoferin 1700-luvulla Malá Stranalle rakentama Pyhän Nikolauksen kirkko sekä monumentaalinen entinen jesuiittakoulu Klementinum, jonka rakennustyöt kestivät lähes 200 vuotta. Huomiota ansaitsee myös Betlehemin kappeli, Böömin protestanttisen ja hussilaisen liikkeen symboli, jossa saarnasi 1400-luvun alussa uskonpuhdistaja Jan Hus.
Prahan Juutalaiskaupunki muodostuu vanhasta hautausmaasta, raatihuoneesta, seremoniasalista ja kuudesta säilyneestä synagogasta (Vanhauusi synagoga, Maiselin synagoga, Pinkasin synagoga, Klausenin synagoga ja Korkea synagoga). Juutalaiskaupunki syntyi 1200-luvulla, mutta sen nykyisen ulkonäön ovat muokanneet suuret purku- ja jälleenrakennustyöt 1800- ja 1900-lukujen vaihteessa. Vaikka juutalaisten monisatavuotisen historian merkittävistä muistomerkeistä onkin onnistuttu säilyttämään vain muutama, on Prahan juutalaiskaupunki silti Euroopan parhaiten säilynyt juutalaisalue.
