Kladrubyn luostari on yksi Böömin vanhimmista luostareista. Ruhtinas Vladislav perusti sen vuonna 1114 paikalle, jota oli jo pitkään pidetty läntisen kulttuurin, talouden ja uskonnon keskuksena Böömin kuningaskunnassa. Maan kolmen suurimman katedraalin joukkoon edelleenkin kuuluva kolmilaivainen romaaninen basilika valmistui vuonna 1233. Aikanaan se oli Böömin suurin kirkko. Useita kertoja keisari Kaarle IV:ttä isännöineestä luostarista tuli aikojen kuluessa vallan ja vaurauden keskus.
Hussilaisen vallankumousliikehdinnän aikana vuonna 1421 luostarin valloittivat Jan Žižka Trocnovilaisen joukot, mutta munkit pakenivat ajoissa Řeznaan mukanaan kaikkein arvokkain omaisuus. 1500-luvun alussa kirkko kunnostettiin ja pyhitettiin uudelleen. Hyvät ajat eivät kuitenkaan kestäneet kauaa, sillä vuonna 1590 riehui Kladrubyssa suuri tulipalo, joka tuhosi kaikki luostarirakennukset. Kolmikymmenvuotisen sodan aikana luostari valloitettiin ja poltettiin useaan otteeseen. Korjaukset pääsivät alkuun jo vuonna 1653, jolloin korjattiin Neitsyt Marian kirkko ja rakennettiin uusi prelatuuri. Myös konventin korjaukset saatiin päätökseen.
Alueen nykyinen ilme on 1700-luvun alusta, jolloin Jan Blažej Santini kunnosti sen barokkigotiikan mukaan. Hän puratti kirkon tornin ja korvasi sen korkealla kupolilla, jota täydentävät kultainen ruhtinaskruunu ja siihen sijoitettu lyhty. Se symbolisoi kirkkoon haudattua luostarin perustajaa - ruhtinas Vladislav I:stä. Neitsyt Marian katedraalin rakennustyöt saatiin päätökseen vuonna 1726, mutta luostarin alueelle rakennettiin vielä mm. uusi konventti ja prelatuuri. Vuonna 1770 valmistunutta rakennusprojektia johti todennäköisesti Killián Ignatius Dientzenhofer. Viisitoista vuotta myöhemmin Josef II lakkautti luostarin, jonka alueella sijaitsi sairaala, kasarmi, vammaisten hoitolaitos ja olutpanimo. Vuonna 1825 sen hallintaoikeudet osti huutokaupassa kenttämarsalkka Alfred Windischgrätz, jonka jälkeläisille Kladruby kuului vuoteen 1945 asti. Tällöin valtio takavarikoi sen
Luostari liittyy läheisesti 1700-luvulla pyhimykseksi julistetun Jan Nepomukilaisen, Tšekin suosituimman pyhimyksen, onnettomaan loppuun. Läheisestä Nepomukista kotoisin ollut kirkkoherra Jan Pomukilainen sekaantui Prahan arkkipiispan Jan Jenštejniläisen ja kuningas Václav IV:nnen väliseen valtataisteluun. Kuningas halusi heikentää Prahan arkkipiispan valtaa perustamalla uuden arkkihiippakunnan, jonka hallinnon oli määrä sijaita Kladrubyssa. Hän odotti Kladrubyn apotin kuolemaan asti nimittääkseen tämän tilalle yhden omista suosikeistaan. Kuninkaan vastustajat tekivät kuitenkin hallitsijan aikeet tyhjiksi valitsemalla nopeasti omista riveistään uuden apotin. Tämän valinnan Jan Pomukilainen siunasi välittömästi. Näistä tapahtumista alkunsa saanut sisäpoliittinen konflikti johti arkkipiispan karkotukseen ja vei Jan Pomukilaisen kidutettavaksi sekä lopulta Vltavan syvyyksiin, jonne kuninkaan uskotut hänet puolikuolleena heittivät. Nykyisin hänen patsaansa koristaa lähes jokaisen kylän siltaa. Luostarissa on benediktiinien historiaa käsittelevä näyttely sekä M. B. Braunin veistosten kokoelma. Siellä sijaitsee myös varhaisgoottilainen Kladrubyn Madonna. Luostarin kirkossa järjestetään konsertteja.
