Český Krumlovin linna rakennettiin 1200-luvun puolivälissä korkealle kallioiselle töyräälle Vltava-joen mutkaan. Sen rakennuttivat vaikutusvaltaiseen böömiläiseen Vítekien aatelissukuun kuuluneet Krumlovin linnanherrat. Vuonna 1302 linna päätyi Rožmberkien suvulle. 1500-luvulla Vilém Rožmberkin aikana linna laajennettiin italialaisten mestarien johdolla monumentaaliseksi ja ylelliseksi renessanssiasunnoksi ja siitä tuli laajan Rožmberkien hallinnoiman alueen keskus. Viimeinen Rožmberk Petr Vok myi linnan taloudellisista syistä Habsburg-sukuiselle keisari Rudolf II:lle, joka itse ei koskaan käynyt linnassa. Hänen serkkunsa keisari Ferdinand II lahjoitti sen vuonna 1622 sotatoimiensa rahoittajalle Jan Oldřich Eggenbergille. Seuraava suurisuuntainen rakennusprojekti toteutettiin 1600-luvun lopulla ja silloin linna uusittiin barokkityyliin. Salit järjestettiin yhdelle tasolle lattioita tasapainottamalla ja linnaan rakennettiin muhkea portaikko, rahapajat ja uusi teatterirakennus. Lisäksi perustettiin upeat barokkipuutarhat.
Eggenbergien suvun sammuttua siirtyi linna tiluksineen Schwarzenbergeille. Näiden kahden aatelissuvun omaisuuden yhdistäminen synnytti lähes yhtä laajan ja mahtavan valtakunnan kuin Rožmberkeillä aikoinaan. Josef Adam Scwarzenbergin aikana linnaa uudistettiin täysbarokin ja rokokoon hengessä. Hän kunnostutti peili- ja naamiaissalin, jonka seiniä koristavat Josef Ledererin tekemät upeat esittävät maalaukset. Myös teatteri uusittiin ja sinne hankittiin pukuja, tarpeistoa ja 1700-luvun wieniläisten maalareiden tekemiä lavasteita. Puutarhaan rakennettiin puinen musiikkipaviljonki, talvimaneesi ja huvimaja Bellarie. Yläkerran käytäviltä pääsee teatteriin ja puutarhaan vievälle veistoskoristeiselle kivisillalle - vallihaudan yli johtavalle aikansa rakennusteknisen taidokkuuden muistomerkille.
1700-luvun lopussa Krumlovin linnassa riehui remonttikuume ja sitä laajennettiin. Vuonna 1900 päätettiin avata osa Scwarzenbergien suvun edustustiloista yleisölle. Vuonna 1940 Gestapo takavarikoi Schwarzenbergien omaisuuden. Sodan jälkeen linna siirtyi valtion omistukseen ja avattiin uudelleen yleisölle. Vuonna 1992 linnan alue puutarhoineen ja talousrakennuksineen liitettiin UNESCOn maailmanperintöluetteloon.
