Borgen i Krumlov blev grundlagt i midten af 1200-tallet på et stejlt klippefremspring over floden Moldau af herskere fra Krumlov, der tilhørte den vigtige tjekkiske adelslægt ved navn Vítkovci. I 1302 var det Rosenberg, der overtog borgen og udvalgte den til sit hovedsæde. Under Vilem af Rosenberg blev den mægtige gotiske borg ombygget til en monumental pragtfuld residens i renæssancenstil. Arbejdet blev foretaget af italienske mestre og borgen blev til et kulturelt, selskabeligt og økonomisk centrum, men på grund af økonomi solgte Petr Vok af Rosenberg residensen til kejser Rudolf den II af Habsburg. Men han besøgte aldrig slottet, og senere gav hans fætter, kejser Ferdinand den II, slottet til sin finansmand Jan Oldřich af Eggenberg. Yderligere ombygninger blev først foretaget i slutningen af 1600-tallet under Jan Kristian af Eggenberg, hvor slottet fik et barokt præg. Den vigtigste ombygning var udligningen af den første etage, således at slottets sale var på det samme niveau. Endvidere blev der bygget en mægtig barok trappeopgang, grundlagt barokke haver og bygget en ny bygning med barokt teater og et møntslageri.
Betydningsfuldt for slottet var slægten Eggenbergs uddøen, da herregården dermed overgik til den betydningsfulde slægt Schwarzenberg. Med adelsslægten Schwarzenberg opstod der et domæne der i storhed kunne minde om det der havde eksisteret på Rosenbergs tid . I Schwarzenbergs periode blev slottes udseende påvirket af højbarok og rokoko. Man må ikke glemme at nævne Josef Adam af Schwarzenberg, der igen forandrede Spejl- og Maskesalen med rokokomalerier af Josef Ledera. Teaterbygningen blev ombygget og fik i 1700-tallet en omfattende samling af kulisser af Wiener malere, teaterkostumer og rekvisitter. I haven blev havelystslottet ved navn Bellarie ombygget og der blev anlagt en træmusikpavillon samt et vinterslots riddersal. Læg især mærke til den senbarokke bro, en teknisk seværdighed der overdækker voldgraven.
I slutningen af 1700-tallet stoppede byggeaktiviteterne på slottet Krumlov, og slottet blev forladt. Det var først fyrst Adolf Josef af Schwarzenberg, der begyndte at beskæftige sig med spørgsmålet om slottets restaurering, og i år 1900 besluttede han sig for at åbne en del af slottets repræsentative rum for offentligheden. I 1940 blev Schwarzenbergs ejendom konfiskeret af gestapo. Efter den 2. Verdenskrig blev slottet nationaliseret og åbnet for offentligheden. I 1992 blev det hele historiske kompleks skrevet på UNESCOs liste over bevaringsværdig kulturarv.
