Muzeum založené roku 1878 spravuje několik stálých expozic ve Znojmě i okolí. Na znojemském hradě s cennou rotundou Panny Marie a sv. Kateřiny je umístěna historická expozice a lapidárium. V Minoritském klášteře sídlí přírodovědné, archeologické a numismatické sbírky spolu s unikátní kolekcí orientálních zbraní, muzeum též spravuje hrad Cornštejn a Památník P. Diviše v Příměticích.