Synagoga byla vybudována v letech 1590-1592 primasem Židovského města Mordechajem Maiselem, který financoval rozsáhlou renesanční přestavbu ghetta. Trojlodní templ je součástí pražského Židovského muzea, expozice představuje historii Židů na území Čech a Moravy od počátku osídlení do emancipace v 18. století.