Sbírky jsou instalovány v šesti architektonicky významných budovách Prahy. Sídlem Sbírky grafiky a kresby je palác Kinských na Staroměstském náměstí. Ve Šternberském paláci na Hradčanském náměstí, v klášteře sv. Jiří na Pražském hradě a v Anežském klášteře na Starém Městě jsou umístěny stálé expozice starého umění, Veletržní palác představuje umění 19. století, moderní a současné umění, v interiérech zbraslavského zámku návštěvníci objeví sbírky orientálního umění. Pro výstavy je využívána jízdárna Pražského hradu, Valdštejnská jízdárna na Malé Straně a dům U Černé Matky Boží.