Muzeum se nachází v bývalém barokním kostele sv. Máří Magdaleny na Malé Straně. Sbírka hudebních nástrojů, obsahující celkem 3000 kusů, je největší v České republice a jedna z nejvýznamnějších v Evropě. Kromě hudebních nástrojů jsou v expozici uplatněny i obrazy, notové rukopisy a tisky.